司馬遷是西漢的，之所以被處以宮刑的主要原因，是因為為了李陵辯解將漢武帝觸怒，漢武帝認為司馬遷為李陵辯護，對于勞師遠征戰敗而歸的李廣利作出了諷刺，于是下命令就將司馬遷打入到了大牢當中，并且處以了宮刑。

當時漢武帝派二師將軍李廣利帶著3萬騎兵，向天山一帶的匈奴右賢王發起攻擊，當時安排李陵作為遠征大軍的糧草官，李陵心中十分不甘，主動請纓，在相持10多天被困之后李陵最后突圍失敗，被匈奴俘獲，本身只是想詐降，但漢武帝卻聽說李陵在幫助匈奴殘余對付漢軍，于是沒有問清楚情況之下，將李陵的三族全滅，從此李陵在匈奴滯留，終身沒有回歸。

當時漢武帝詢問司馬遷意見，司馬遷極為正直，表示當時帶去的步兵不滿5000，沒有任何支援時還殺了很多敵人，李陵不肯馬上去死，也是想要將功贖罪，但這番話卻被漢武帝認為對于李廣利有所詆毀，于是就讓杜州對司馬遷嚴刑拷打。

另外一種說法是說司馬遷是一位極為正直的官員，曾經表示過，人固有一死，或重于泰山，或輕于鴻毛，寧愿死于宮行或腐刑，也不愿意茍且偷生，漢武帝認為司馬遷所說的這句話諷刺了自己，于是對司馬遷處以宮刑。

有的說法是漢武帝的巫蠱對處以司馬遷宮刑也存在一定程度的影響，漢武帝對大部分文物官員使用巫蠱也是屬于這一時期當中的。

還有的說法是宮刑本來用錢就可以贖回的，但是司馬遷本身并沒有很多錢，因為司馬遷本來就一身正氣，為了能夠將實際撰寫完成，最終寧愿忍受這樣極為殘忍的宮刑。